Am Ende des 21. Jahrhunderts wetteifern die Staaten weltweit darin, ihre Magier perfekt auszubilden, um das Gleichgewicht der Mächte aufrechtzuerhalten. Miyuki und ihr großer Bruder Tatsuya werden an der berühmten Ersten staatlichen Magie-Oberschule aufgenommen und Miyuki wird dort sofort zur Vertreterin der neuen Schüler gewählt. An der Schule gibt es die Kurs 1 Schüler, sie sogenten "Blooms", die aufgrund ihrer Prüfungsergebnisse die Elite sind und die Kurs 2 Schüler, die "Weeds", die als eine Art Reserve gelten, falls ein "Bloom" ausscheidet. Tatsuya schafft es trotz herausragender Fähigkeiten nicht, in die Elite aufgenommen zu werden und muss sich fortan als Kurs 2 Schüler behaupten. Doch plötzlich gerät die Schule in das Visier der "Blanche"-Terroristen.