Die Abenteuer von zwei Jungen und einem klugen Delfin gehen in die zweite Staffel. Der fünfzehnjährige Sandy (Luke Halpin) und der zehnjährige Bud (Tommy Norden) sind die Söhne des verwitweten Parkaufsehers Porter Ricks (Brian Kelly). Dessen Aufgabe ist es, im Coral Key Park in Florida für die Sicherheit der Delfine und der Taucher zu sorgen. Die drei freunden sich mit dem Delfin Flipper an, der für die beiden Jungen ein Spielkamerad und für Porter eine unentbehrliche Hilfe bei seiner täglichen Arbeit ist. Gemeinsam erleben sie eine Menge Abenteuer im Park, denn nicht selten machen zwielichtige Gestalten die Gegend unsicher und es gilt Schmugglern und Umweltsündern das Handwerk zu legen. Unterstützt werden sie dabei von dem alten Seebären Hap Gorman (Andy Devine) und der Meeresbiologin Ulla (Ulla Strömstedt).