Im antiken Ägypten arbeitet die schöne Philosophin Hypatia (Rachel Weisz) als Dozentin an der Bibliothek von Alexandria. Durch ihre fortschrittlichen Theorien gerät sie in Konflikt mit den immer einflussreicheren Christen, die ihren Glauben mit Feuer und Schwert ausbreiten. Obwohl Hypatia von dem Sklaven Davus und ihrem vornehmen Schüler Orestes geliebt wird, steht sie den religiösen Fanatikern schließlich allein gegenüber - und begibt sich mit ihrem Bekenntnis zu Menschlichkeit und Wissenschaft in höchste Lebensgefahr ...